Au Moyen-Age, au nord de Toulouse, sur la rive droite, s’étendait une vaste lande dont les Capitouls avaient vendu à plusieurs habitants de la ville le droit de pâturage au prix de sept deniers, ce qui a donné son nom au quartier.
En 1631, la peste s’étant déclaré à Toulouse, des baraquements y furent construits pour y isoler et y soigner plus de 2500 pestiférés.
En 1907, le quartier fut détaché de la paroisse des Minimes et érigé lui-même en paroisse sous le vocable de Saint Jean Baptiste des Sept Deniers. 
La petite église des débuts, a été remplacée au milieu des années 1960 par le vaste édifice actuel, fait de verre et de béton, inauguré en décembre 1966.