L’ordre des Minimes, fondé par François de Paule, disciple de St François d’Assise, se voit confier, par l’abbé de St Semin, la chapelle St Roch (à l’entrée nord de la ville) en 1493. 

La communauté grandit rapidement, si bien qu’un couvent est construit ainsi que la nef gothique actuelle consacrée en 1509. 
Dès la canonisation de leur fondateur, dix ans plus tard, les « Minimes » donnent à la chapelle St Roch le nom de Saint François de Paule. 
Au siècle suivant, François Fayet peint sur la voûte de cette chapelle, une apothéose du saint. Cette oeuvre existe toujours accompagnée de tableaux évoquant les miracles de François. 
À la demande des habitants du quartier et grâce à une souscription, l’église est rachetée, restaurée et ouverte au culte le 13 août 1852, sous le vocable de Saint François de Paule. 
La Paroisse des Minimes est créée le 4 juin 1853 par emprunt de son territoire sur les paroisses voisines de Croix-Daurade et Lalande. 
Le clocher actuel date de 1892. 
La nef et le choeur retrouvent leur simplicité d’origine dans les années 1970 et on inaugure le nouvel orgue en 1990 qui ayant souffert pendant la canicule 2003 est en péril et tente d’être sauvé par l’association des amis des orgues des Minimes. Visitez leur site et soutenez-les.
Sans être une paroisse la communauté qui se regroupe autour de la chapelle Saint Luc (118 rue Negrenys) est bien vivante. Elle compte une trentaine de personnes et se retrouve tous les dimanche. Leur page vous renseignera mieux.